（1）稅務機關是否可要求該房地產開發公司進行土地增值稅清算？請說明理由。

稅務機關可要求該房地產開發公司進行土地增值稅清算。按照規定，已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的，主管稅務機關可要求進行土地增值稅清算。本題目中的房地產開發公司，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租，主管稅務機關可要求進行土地增值稅清算。

（2）該房地產開發公司銷售寫字樓的增值稅銷項稅額。

該房地產開發公司銷售寫字樓的增值稅銷項稅額=（20000-7000×80%）÷（1+9%）×9%=1188.99（萬元）
不動產轉讓的增值稅稅率為9%，房地產開發公司一般納稅人計算增值稅銷項稅時，可從銷售額中扣減支付給政府的土地價款，扣減比例是銷售的建筑面積占可售面積的比例。支付土地價款需取得財政票據。這一扣減的政策原理是平衡政府收取土地價款無法提供增值稅專用發票，所以納稅人無法抵扣進項稅；由于納稅人繳納契稅取得的完稅憑證不是財政票據，所以這里只減除土地價款不減除契稅。

（3）該房地產開發公司計算土地增值額時可扣除的取得土地使用權金額。

取得土地使用權支付的全部金額=7000×（1+3%）=7210（萬元）
土地增值稅中取得土地使用權支付的金額包括契稅，與增值稅計算銷項稅中支付土地價款不是等同口徑。
可扣除的取得土地使用權支付金額=7210×80%=5768（萬元）
由于銷售面積僅為80%，按照80%的比例計算扣除。

（4）該房地產開發公司計算土地增值稅可扣除金額合計。

可扣除的開發成本=6000×80%=4800（萬元）
可扣除的開發費用=（5768+4800）×10%=1056.8（萬元）
加計扣除=（5768+4800）×20%=2113.6（萬元）
扣除項目金額合計=5768+4800+1056.8+100+2113.6=13838.4（萬元）

（5）該房地產開發公司的土地增值額。

該房地產開發公司的不含稅轉讓收入金額=20000-1188.99=18811.01（萬元）
注意要用含稅收入減除銷項稅的方法計算不含稅收入。
土地增值額=18811.01-13838.4=4972.61（萬元）

增值率=4972.61÷13838.4×100%=35.93%，適用30%的稅率。
該房地產開發公司銷售寫字樓應繳納的土地增值稅=4972.61×30%=1491.78（萬元）
應補繳土地增值稅=1491.78-1000=491.78（萬元）。