（1）計算乙公司向SPV公司分配股息時應代扣代繳的企業所得稅。

應代扣代繳的企業所得稅=1000×10%=100（萬元）。
按照《企業所得稅法》及其實施條例的規定，實行源泉扣繳的非居民企業取得的股息、紅利等權益性投資收益，減按10%的稅率征收企業所得稅。

（2）計算乙公司向甲公司支付商標使用費、咨詢費、設計費應代扣代繳的增值稅。

應代扣代繳的增值稅=（1000+800+5）/（1+6%）×6%=102.17（萬元）。
扣繳義務人按照規定公式和適用稅率計算應扣繳稅額：
應扣繳稅額=購買方支付的價款÷（1+稅率）×稅率

（3）計算乙公司向甲公司支付商標使用費、咨詢費、設計費應代扣代繳的企業所得稅。

應代扣代繳的企業所得稅=1000/（1+6%）×10%=94.34（萬元）。
非居民企業取得股息、紅利等權益性投資收益和利息、租金、特許權使用費所得應繳納增值稅的，在計算繳納企業所得稅時，應以不含增值稅的收入全額作為應納稅所得額。
由于甲公司未派遣相關人員來中國提供咨詢和設計相關服務，所以咨詢費和設計費不屬于來源于中國的所得，不需要在我國繳納企業所得稅。

（4）指出乙公司上述對外支付的款項中，需要辦理稅務備案手續的項目有哪些，并說明理由。

乙公司對外支付的股息、商標使用費、咨詢費需要辦理稅務備案手續。
理由：境內機構和個人向境外單筆支付等值5萬美元以上（不含等值5萬美元）的外匯資金，除無須進行稅務備案的情形外，均應向所在地主管稅務機關進行稅務備案。
5萬美元=5×6.5=32.5（萬元人民幣），乙公司對外支付的股息、商標使用費、咨詢費均高于32.5萬元人民幣，也就是高于5萬美元，應當辦理稅務備案手續。

（5）判斷甲公司轉讓SPV公司的股權是否需要在中國繳納企業所得稅并說明理由。

需要在境內繳納企業所得稅。
理由：非居民企業通過實施不具有合理商業目的的安排，間接轉讓中國居民企業股權等財產，規避企業所得稅納稅義務的，應按照《企業所得稅法》的有關規定，重新定性該間接轉讓交易，確認為直接轉讓中國居民企業股權等財產，應在中國境內繳納企業所得稅。