（1）甲公司與乙銀行約定“如甲公司到期不能按時還款，則建設用地使用權歸乙銀行”是否有效？并說明理由。

該約定無效。根據規定，抵押權人在債務履行期屆滿前，不得與抵押人約定債務人不履行到期債務時抵押財產歸債權人所有。

（2）甲公司與丁公司之間買賣數控機床的合同是否有效？丁公司是否取得了該機床的所有權？并分別說明理由。

①甲公司與丁公司之間買賣數控機床的合同有效。根據規定，甲公司將該機床賣給丁公司的行為屬于無權處分，但甲公司與丁公司之間買賣數控機床的合同原則上屬于有效合同，當事人一方以出賣人在締約時對標的物沒有所有權或者處分權為由主張合同無效的，人民法院不予支持；②丁公司未取得該機床的所有權。根據規定，由于甲公司未向丁公司交付該機床，丁公司不能基于善意取得制度取得該機床的所有權。

（3）甲公司與戊公司之間買賣數控機床的合同是否有效？戊公司是否取得了該機床的所有權？并分別說明理由。

①甲公司與戊公司之間買賣數控機床的合同有效。根據規定，甲公司將該機床賣給戊公司的行為屬于無權處分，但甲公司與戊公司之間買賣數控機床的合同原則上屬于有效合同，當事人一方以出賣人在締約時對標的物沒有所有權或者處分權為由主張合同無效的，人民法院不予支持；②戊公司取得了該機床的所有權。根據規定，戊公司基于善意取得制度依法取得了該機床的所有權（與是否已經支付價款沒有關系）。

（4）丁公司是否有權以自己是機床所有權人為由要求戊公司返還？并說明理由。

丁公司無權要求戊公司返還。根據規定，丁公司未取得該機床的所有權，而戊公司則基于善意取得制度依法取得了該機床的所有權，丁公司無權以自己是機床所有權人為由要求戊公司返還。

（5）乙銀行能否對甲公司已售出的數控機床行使抵押權？并說明理由。

乙銀行不能對甲公司已售出的數控機床行使抵押權。根據規定，當事人以生產設備等設定抵押，抵押權自抵押合同生效時設立。但未經登記，不得對抗善意第三人。在本題中，甲公司以其數控機床向乙銀行提供抵押擔保時，未辦理抵押登記，因此，抵押權人乙銀行不能對抗善意第三人。

（6）乙銀行可否選擇不行使其在建設用地使用權上的抵押權，而首先要求丙公司就甲公司所負擔的全部債務承擔保證責任？并說明理由。

乙銀行不能首先要求丙公司承擔保證責任。根據規定，被擔保的債權既有物的擔保又有人的擔保的，債務人不履行到期債務時，債權人應當按照約定實現債權；沒有約定或者約定不明確，債務人自己提供物的擔保的，債權人應當先就該物的擔保實現債權。在本題中，在未約定擔保責任承擔順序的情況下，由于物的擔保由主債務人甲公司提供，乙銀行應當首先就甲公司提供的物保行使抵押權，而不能首先要求丙公司承擔保證責任。