主體

政府審計機關（審計署和地方審計廳局）

注冊會計師

審計目標和對象

對國務院各部門和地方各級人民政府及其各部門的財政收支，國有的金融機構和企業事業組織的財務收支、以及其他應當接受審計的財政收支、財務收支的真實、合法和效益進行審計監督

被審計單位財務報表、內部控制的有效性等

審計依據

《中華人民共和國審計法》和審計署制定的國家審計準則等

《中華人民共和國注冊會計師法》和財政部發布的注冊會計師審計準則等

經費或收入來源

行政行為

列入同級財政預算，由同級人民政府予以保證

市場行為

有償服務

費用由注冊會計師和審計客戶協商確定

取證權限

有關單位有責任配合，具備更大的強制力，有關單位和個人應當支持、協助、反饋和提供材料

不具備行政強制力，很大程度上依賴于企業及相關單位配合和協助

對發現問題的處理方式

可在職權范圍內作出審計決定或者向有關主管機關提出處理、處罰意見

在遇到審計范圍受到限制，或就審計發現的問題提請被審計單位調整有關數據或進行披露，但被拒絕時，沒有行政強制力，只能按照審計準則的規定，根據具體情況作出專業性的處理，包括出具非無保留意見的審計報告、必要時解除業務約定或向監管機構報告

在審計獨立性上

內審機構受所在單位的直接領導，獨立性受到一定的限制，其獨立性只是相對于本單位其他職能部門而言的

注冊會計師審計是由獨立于被審計單位和預期使用者的第三方進行的，具有較強的獨立性

在審計方式上

內部審計是單位根據自身經營管理的需要安排進行的

注冊會計師審計則是接受委托進行的

在審計程序上

內部審計可以根據所執行業務的目的和需要選擇并實施必要的程序

注冊會計師審計則需要嚴格按照執業準則的規定程序進行

在審計職責上

內部審計只對本單位負責，審計工作主要服務于單位內部管控的需要

注冊會計師審計不僅對被審計單位負責，而且對社會負責，其審計質量對廣大財務信息使用者作出相關決策有直接影響

在審計作用上

內部審計的結論只作為本單位改善工作的參考，對外不起鑒證作用，并對外保密

注冊會計師審計結論則要對外公開并起鑒證作用