根據開具運輸發票的納稅人不同稅率也不同，一般納稅人開具運輸發票的稅率為9%，小規模納稅人開具運輸發票的征收率為3%。根據現行優惠政策小規模納稅人也可以開具征收率為1%的運輸服務發票。
增值稅納稅人分為一般納稅人和小規模納稅人。一般納稅人提供交通運輸服務?（如陸運、海運、空運）開具的普通發票或專用發票稅率為9%，而小規模提供上述供交通運輸服務?開具發票征收率為3%，按照現行優惠政策小規模納稅人可以開具征收率為1%的普通發票。
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