近年來，由運輸費用引發偷逃增值稅、企業所得稅現象也不斷發生。稅務部門在檢查中發現，受票企業通過接受虛開的運輸發票騙抵增值稅進項稅款是交通運輸企業虛構運輸業務違法開具發票的主要原因。造成這一現象的發生，歸結起來這有兩方面原因。在政策方面，由于運輸企業開具運輸發票營業稅金為3%(不考慮所得稅)而在受票方可按7%抵扣增值稅;體制方面，運輸企業營業稅及運輸發票由地稅部門負責管理，而可抵扣的進項稅由國稅部門進行管理，這很容易造成同一發票的管理脫節，形成管理真空。因此，2010年國家稅務總局將交通運輸企業列入了專項檢查的重點。

　　《中華人民共和國增值稅暫行條例》規定，“購進或者銷售貨物以及在生產經營過程中對所支付運輸費用，按照運輸費用結算單據上注明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額。”由于運輸發票是增值稅進項稅的重要抵扣憑證，因此，企業在運用運輸發票進行抵扣時，應注意從以下四個方面來防范稅收風險。

　　(一)要審查取得票種及開具內容的合法有效性

　　《國家稅務總局關于公路內河貨物運輸業統一發票增值稅抵扣有關問題的公告》(國家稅務總局公告[2006]2號)規定，自2007年1月1日起，增值稅一般納稅人購進或銷售貨物，取得的作為增值稅扣稅憑證的貨運發票，必須是通過貨運發票稅控系統開具的新版貨運發票。否則不能作為增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額。企業在取得運輸發票時，要審查發票的填寫內容的合法準確性。即按規定自開票納稅人和代開票單位必須按照規定逐欄、如實填開貨物運輸業發票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。貨運發票的發貨人、收貨人、起止地、運輸方式、貨物名稱、數量單價、運輸金額必須填寫齊全，并與購銷貨發票所列的有關內容相符，運輸發票支付貨款單位必須與抵扣憑證的銷貨單位或者提供勞務單位一致。

　　因此，取得運輸發票單位如相關信息不符合上述規定，計算的增值稅進項稅額不能抵扣。

　　(二)要注意申報抵扣的時間規定

　　運輸發票申報抵扣應關注《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函[2009]617號)第一條規定：增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、道路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。

　　(三)申報抵扣時要報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質資料及電子信息

　　增值稅一般納稅人取得的所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，應根據相關運輸發票逐票填寫并報送《增值稅運輸發票抵扣清單》(還需同時報送電子信息)，必須填寫其中的“取得運輸發票單位名稱及識別號”欄，否則，所取得的運費發票不能作為增值稅進項抵扣憑證;未單獨報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質資料及電子信息的，其運輸發票進項稅額不得抵扣;未按規定要求填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》或者填寫內容不全的，該張運輸發票就不能計算抵扣進項稅額。但2007年4月1日起，取得運輸發票需要通過認證后可以抵扣。

　　(四)不能擅自擴大抵扣金額

　　根據稅法的規定，準予抵扣進項稅額的運輸費用，是指運輸單位開具的發票上注明的運費、建設基金，但不包括隨同運費支付裝御費、保險費等其它雜費。

　　有些企業將購進固定資產支付的運費列入進項稅進行抵扣;向非一般納稅人購進貨物，因無法取得增值稅專用發票抵扣稅款，由購貨方將購物的貨款以運輸發票充數，按照7%抵扣進項稅額;購進或者銷售免稅貨物所發生的運輸費用，作為進項稅額抵扣;購貨單位詳細運輸記錄中的裝卸、吊裝、倉儲、清理等雜費也混入運輸費中。

　　當稅務機關質疑受票單位運輸業務真實性或稅務檢查機關發現開票單位存在虛擬運輸業務時，將通過對購貨和運輸單位對應的物流、票流、資金流方面進行核查，對企業的供應、財務部門、運輸部門分別調查，結合材料采購、貨物運輸、資金支付以及財務處理進行多方位查證，加以相互印證。其虛開運輸發票事實會暴露出來，受到應有的處罰。