您的理解有些偏差。

扣繳義務人對居民個人工資、薪金所得，勞務報酬所得，稿酬所得，特許權使用費所得都會進行預扣預繳個人所得稅的計算的。只是計算方法有所不同。

（一）扣繳義務人向居民個人支付工資、薪金所得時，應當按照累計預扣法計算預扣稅款，并按月辦理全員全額扣繳申報。

本期應預扣預繳稅額=（累計預扣預繳應納稅所得額×預扣率-速算扣除數)-累計減免稅額-累計已預扣預繳稅額

累計預扣預繳應納稅所得額=累計收入-累計免稅收入-累計減除費用-累計專項扣除-累計專項附加扣除-累計依法確定的其他扣除

從公式里看得出，工資預扣預繳和專項扣除是有關系。

（二）扣繳義務人向居民個人支付勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，按次或者按月預扣預繳個人所得稅。具體預扣預繳方法如下：

勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除費用后的余額為收入額。其中，稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。

減除費用：勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得每次收入不超過四千元的，減除費用按八百元計算；每次收入四千元以上的，減除費用按百分之二十計算。

應納稅所得額：勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為預扣預繳應納稅所得額。勞務報酬所得適用百分之二十至百分之四十的超額累進預扣率，稿酬所得、特許權使用費所得適用百分之二十的比例預扣率。