根據財政預算支出管理的特點和具體要求，結合內部控制的相關理論，可把財政預算支出管理中的內部控制問題歸納為以下幾個方面：
　　一、過程控制

　　過程控制旨在確保只有經過正確授權的指令才予以執行，要求對預算支出的每一過程都要進行有效的控制和監督。預算執行過程中最基本的控制環節有：

　　1、在承諾階段，需要核實：(1)支出計劃是否由法定批準人批準；(2)資金是否按照預算規定的用途撥付，且在適當的支出類型中保留足夠的資金；(3)撥付的資金是否列入正確的科目。

　　2、當提供了商品和服務后，必須核實：是否已收到有關商品和已提供某項服務的有關單據證明。

　　3、在支付之前，需確認：(1)是否存在有效的支出義務；(2)有關專業人員證明所提供的商品和所收到的服務是否滿足預期標準；(3)發票和其他有關支付票據是否是正確的或適合支付的；(4)驗明收款人。

　　4、在最終支付之后，需對所有相關支出進行檢查和復審，對不規范之處應予匯報。

　　總體上，在任何機構之內，在授權支出、批準合同和發出購買的指令、確認收到的商品和服務、履行支付等方面都必須有明確的職責分工。其中，一些職責可以由同一人或同一部門擔負。但是，在大多數情況下，同一人或同一部門不應既負責支付，又負責其他活動或控制支出。這種安排實際就是內部牽制原則的體現。

　　政府部門之間這些職責的分工支配著支出單位和核心部門(財政部門、財務控制部門)之間的職權分配。在不同的國家，這種控制可以是相關各部門的內部控制，也可以由綜合管理部門如財政部門、財務控制辦公室來完成。

　　二、會計控制

　　許多國家的預算體系都是通過會計控制來確保遵照執行的。有效的會計控制，應保證清晰地記錄預算支出和撥款或預算項目間的變化(如，分攤、調查、預算追加等)。無論會計基礎如何，會計控制都應做到：(1)會計記錄必須要有足夠而合理的程序，包括對收付事項進行系統的登記、足夠的安全系統以及與銀行賬目的核對系統等；(2)所有的支出與收入事項都應該按照相同的方法登記到相應的賬戶中；(3)按照經濟種類和職能作用對支出進行一般劃分；(4)會計記錄必須明晰，文件程序必須完備；(5)會計報表的編制必須規范；(6)跟蹤支出周期(立項、審批和支付)每個階段的撥款使用(預算會計)系統，等等。