出納機構(gòu)一般設(shè)置在會計機構(gòu)內(nèi)部，如各企事業(yè)單位財會科、財會處內(nèi)部設(shè)置專門處理出納業(yè)務(wù)的出納組、出納室。《會計法》第二十一條第一款規(guī)定：“各單位根據(jù)會計業(yè)務(wù)的需要設(shè)置會計機構(gòu)，或者在有關(guān)機構(gòu)中設(shè)置會計人員并指定會計主管人員。不具備條件的，可以委托經(jīng)批準設(shè)立的會計咨詢、服務(wù)機構(gòu)進行代理記賬。”會計法對各單位會計、出納機構(gòu)與人員的設(shè)置沒有做出硬性規(guī)定，只是要求各單位根據(jù)業(yè)務(wù)需要來設(shè)定。各單位可根據(jù)單位規(guī)模大小和貨幣資金管理的要求，結(jié)合出納工作的繁簡程度來設(shè)置出納機構(gòu)。以工業(yè)企業(yè)為例，大型企業(yè)可在財務(wù)處下設(shè)出納科；中型企業(yè)可在財務(wù)科下設(shè)出納室，小型企業(yè)可在財務(wù)股下配備專職出納員。有些主管公司，為了資金的有效管理和總體利用效益，把若干分公司的出納業(yè)務(wù)（或部分出納業(yè)務(wù)）集中起來辦理，成立專門的內(nèi)部“結(jié)算中心”，這種“結(jié)算中心”，實際上也是出納機構(gòu)。