審計目的和對象不同

審計對象：包括國務院各部門和地方各級人民政府及其各部門的財政收支、國有金融機構和企業事業組織的財務收支，以及其他依照該法規定應當接受審計的財政收支、財務收支

審計對象：是除政府審計對象以外的事項，對于部分國有金融機構和企事業單位，可能同時進行政府審計和注冊會計師審計，但審計目的不同

審計目的：是監督上述財政收支或財務收支的真實、合法、效益

審計目的：主要是對被審計單位的財務報表或內部控制發表審計意見，說明被審計單位財務報表是否符合會計準則的規定，是否公允反映了財務狀況、經營成果和現金流量，或者被審計單位財務報告內部控制在基準日是否有效

審計依據不同

依據是《中華人民共和國審計法》和審計署制定的國家審計準則等

依據是《中華人民共和國注冊會計師法》和財政部發布的注冊會計師審計準則等

經費或收入來源不同

政府審計是行政行為，政府審計機關履行職責所必需的經費，列入同級財政預算，由同級人民政府予以保證

注冊會計師審計是市場行為，是有償服務，費用由注冊會計師和審計客戶協商確定

取證權限不同

政府審計具有更大的強制力，各有關單位和個人應當支持、協助審計機關工作，如實向審計機關反映情況，提供有關證明材料

注冊會計師審計受市場行為的局限，在獲取審計證據時，很大程度上依賴于企業及相關單位配合和協助，對企業及相關單位沒有行政強制力

對發現問題的處理方式不同

審計機關對違反國家規定的財政、財務收支行為可在職權范圍內作出審計決定或者向有關主管機關提出處理、處罰意見

注冊會計師在遇到審計范圍受到限制，或就審計發現的問題提請被審計單位調整有關數據或進行披露，但被拒絕時，沒有行政強制力，只能按照審計準則的規定，根據具體情況作出專業性的處理，包括出具非無保留意見的審計報告、必要時解除業務約定或向監管機構報告

審計獨立性

內審機構受所在單位的直接領導，獨立性受到一定的限制，其獨立性只是相對于本單位其他職能部門而言的

注冊會計師是由獨立于被審計單位的第三方進行的，具有較強的獨立性

審計方式

內部審計是單位根據自身經營管理的需要安排進行的

注冊會計師審計是接受委托進行的

審計程序

內部審計可以根據所執行業務的目的和需要選擇并實施必要的程序

注冊會計師審計需要嚴格按照執業準則的規定程序進行

審計職責

內部審計只對本單位負責，其工作主要服務于單位內部管控的需要

注冊會計師審計不僅對被審計單位負責，而且對社會負責，其審計質量對廣大財務信息使用者作出相關決策有直接影響

審計作用

內部審計的結論只作為本單位改善工作的參考，對外不起鑒證作用，并對外保密

注冊會計師審計結論要對外公開并起鑒證作用