國家稅務總局科研所課題組提出的“費改稅”的基本思路是：根據對我國收費項目按性質分類，實現由費改稅，應本著先清理、整頓，區分性質，而后逐步改稅的原則。總的指導思想是分類進行：取消收費項目由費改稅一部分；收費項目保留一部分；降低收費標準一部分；收費改為價格一部分。實行“費改稅”是近兩年財稅體制改革的重要環節，既要扎實推進，又要處理好各方面的關系。因此，其基本設想和具體改革措施是：對于省級以下地市、縣、鄉等四級政府自行設立的各種收費項目應分兩年全部取消，確需保留的項目，經清理后由省政府報國務院批準；行政單位的經營性收費項目應全部取消；將行政單位收取的大部分行政性規費改為稅收；將事業單位收取的有償性工本費、手續費等，實行一部分保留，一部分合并，一部分根據成本情況以不盈利或少盈利為原則降低標準；將事業單位收取的帶有經營性質的收費改為價格。

　　具體改革意見為：1、 取消一切不合理的收費項目。既無法律、法規依據，又無正式行政文件的各種亂收費、亂攤派、亂集資，均在取消范圍內。國家已經下文件明令取消的各種收費，應依照國務院規定，堅決取消。2、對現有的各種行政性收費，經過調查研究和綜合分析，確實既不合法又不合理的，再列出一部分名單，應由國務院下文，明令廢止。3、 應明確規定，取消地、縣級以及縣以下行政單位確定并收取行政性規費的權力，其項目及收費標準，一律由中央和省兩級政府依照法律法規，制訂具體的收費項目目錄和收費標準，以及管理、監督辦法。省級政府確定的收費項目必須報國務院批準。4、 對省級政府初審提出取消的基金項目，省級政府所屬部門和省級以下政府或人大批準設立的基金，地方政府及其部門在國家設立的基金之外“搭車”或重復設立的基金，國家法律法規之外涉及農民負擔的基金，以及1990年以后國務院下屬部門自行設立的基金，原則上公布取消。