根據《國家稅務總局關于簡化增值稅發票領用和使用程序有關問題的公告》(國家稅務總局公告2014年第19號)的規定，一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，①如果丟失前已認證相符的，購買方可憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》(以下統稱《證明單》)，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

　　②如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件進行認證，認證相符的可憑專用發票記賬聯復印件及銷售方主管稅務機關出具的《證明單》，作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。專用發票記賬聯復印件和《證明單》留存備查。一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票的發票聯復印件留存備查;如果丟失前未認證的，可使用專用發票的發票聯認證，專用發票的發票聯復印件留存備查。一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。因此，可對照上述兩種情況辦理抵扣手續。