出納機構，一般設置在會計機構內部，如各企事業單位財會科、財會處內部設置專門處理出納業務的出納組、出納室。《會計法》第二十一條第一款規定：“各單位根據會計業務的需要設置會計機構，或者在有關機構中設置會計人員并指定會計主管人員。不具備條件的，可以委托經批準設立的會計咨詢、服務機構進行代理記賬。”會計法對各單位會計、出納機構與人員的設置沒有做出硬性規定，只是要求各單位根據業務需要來設定。各單位可根據單位規模大小和貨幣資金管理的要求，結合出納工作的繁簡程度來設置出納機構。以工業企業為例，大型企業可在財務處下設出納科；中型企業可在財務科下設出納室，小型企業可在財務股下配備專職出納員。有些主管公司，為了資金的有效管理和總體利用效益，把若干分公司的出納業務（或部分出納業務）集中辦理，成立專門的內部“結算中心”，這種“結算中心”，實際上也是出納機構。