根據行政事業單位的機構建制和經費領撥關系，行政事業單位的會計組織系統分為主管會計單位、二級會計單位和基層會計單位三級。

    主管會計單位（簡稱“主管單位”），即向財政部門領報經費，并發生預算管理關系，有所屬會計單位的會計單位。也就是說，主管會計單位直接向財政部門領報經費，有所屬會計單位并向其所屬會計單位轉撥經費。

    二級會計單位（簡稱“二級單位”），即向主管會計單位或上一級會計單位領報經費，并發生預算管理關系，有下一級會計單位的會計單位。也就是說，二級會計單位不直接向財政部門領報經費，而是向主管會計單位或上一級會計單位領報經費，有所屬會計單位并向其所屬會計單位轉撥經費。

    三級會計單位（也稱“基層會計單位”）。即向上一級會計單位領報經費，并發生預算管理關系，沒有下級會計單位的會計單位。向同級財政部門領報經費，沒有下級會計單位的，視同基層會計單位。也就是說，不論是向財政部門領報經費，還是與主管會計單位或二級會計單位向上一級會計單位領報經費，只要沒有所屬會計單位的就是或者視同是基層會計單位。

    以上的會計單位，都應建立獨立的單位預算，實行比較完整的會計核算制度。不具備獨立核算條件的，實行單據報賬制度，作為“報賬單位”管理。