直線職能組織結構的優點是，各個職能部門目標明確，部門主管容易控制和規劃。此外，同類專業的員工一起共事，易于相互學習，提高技能。此外，內部資源較為集中，由同一部門員工分享，可減少不必要的重復和浪費。但是，這種結構的缺點是，部門之間的工作協調常會出現困難，導致不同部門各自為政，甚至爭奪公司內部資源，因此，整個企業對外在環境的反應會比較遲鈍。而且員工較長時間在一個部門工作，往往眼光會變得狹隘，只看到本部門的目標和利益，缺乏整體意識和創新精神。